История Кукушек начинается с 1670 года. Тогда на реке Бешкиль в 55 верстах от уездного города Ялуторовск и в пяти верстах от волостного Шороховского правления появилась деревня Кокушки (Кукушки).

Основателями деревни были староверы, пришедшие после церковного раскола из Вологодской губернии.